为了保证稳定同位素示踪试验的成功，而又不浪费同位素标记物质，必须根据试验中示踪物被稀释的程度认真选择标记物的丰度。对一般的¹⁵N示踪试验，使用¹⁵N为 30atom % 丰度以下标记物即可；对¹³C示踪试验，通常使用50 atom % 以下的¹³C标记物质。

所谓一般情况，指稀释倍数不大的短期试验；当进行同位素示踪的长期试验，或多年生、大型植物的示踪试验时，可考虑使用加高丰度的同位素标记物质。

但在农业、生态和坏境科学研究中，一般应该杜绝使用同位素丰度> 90 atom % 的标记物。

切记同位素标记的丰度并不是越高越好，例如实际中添加的¹³C标记物材料丰度一般不会用太高，略高于自然丰度（1.108atom %）即3 atom% 左右即可达到比较满意的效果。用高丰度的标记物进行试验，成本相应提高；最重要的是，在同位素质谱测定过程中，有可能因其丰度过高而无法进行准确地测定，因为高丰度样品会对测定系统造成污染，对测定仪器的维护不利。如果研究者不确定其标记丰度，建议先做预试验进行判断。