存在于自然界的沼气，是免费的天然气体燃料。传统耕作方式中的堆肥，让人类很早就已认知它的存在。经过分析表明沼气是多种气体的混合物，一般含甲烷 50～70%，其余为二氧化碳和少量的氮、氢和硫化氢等。虽然沼气是一种有效的能源，但是由于它的主要成分是甲烷，在使用时总是引来对于环保问题的担忧。

  甲烷是优质的燃料，但同时也是令人担忧的温室气体，其在温室气体中排名第2，仅次于二氧化碳。与空气相比，甲烷的重量是0.54，又不容易溶于水中，以致很容易逸散至大气中。甲烷的全球升温潜势（GPW），以100年週期来计算为25，也就是相同单位二氧化碳的25倍；然而如以20年週期来计算，GPW则高 达72！在全球升温的议题上，甲烷排放是一个必须正视的问题，其严重程度并不亚于节能减碳。

  自然界的甲烷排放可分为自然与人为两种来源，根据美国环保署（EPA）的统计方式，甲烷的排放包括：湿地、森林大火、林地、肠道发酵、垃圾掩埋场、水稻栽培等。其中湿地与水稻田分属自然与人为两种因素，由此可以简单看出沼气厌氧的特性；至于肠道发酵这项议题则在近日沸沸扬扬，主因为世界观察研究所（WWI）日前由Robert Goodland发表一篇报导，认为人类养殖的牲畜与其副产品，总二氧化碳排放当量达325.64亿公吨，占全球总排放量的51％，而肠道 发酵就是其中的大宗。该报告列举许多被忽视的各式排放，包括动物的呼吸等，不过目前在科学上并未有所定论。

  当然，沼气只是甲烷排放的一环，两者并不能划上等号，不过却对沼气的使用做出了一些提醒：第一是必须注意人为制造的沼气可能对环境带来的问题，特别是逸散的问题，反而生质能节约碳排放的功能产生疑义；第二是针对现有的人为沼气排放，可以有更多元的利用，例如垃圾掩埋场的沼气处理发电，而牲畜养殖业也具有相当的能量；第三是沼气储存与使用的技术必须提升，以解决环境问题，此举有助于跳脱单元独立的操作，而能朝系统化发展。

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